Działalność mieszana to wykonywanie działalności gospodarczej zarówno uprawniającej, jak i nieuprawniającej do odliczenia VAT. Opiera się ona na tym, że wszelki zakup trzeba przyporządkować do odpowiedniego modelu działalności, czyli osobno do działalności podlegającej opodatkowaniu i oddzielnie do zwolnionej z VAT. W przypadku jeśli nie można wyodrębnić całości lub elementów kwot, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o tę część podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, przez które ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Proporcję odliczenia VAT wyznacza się jako udział rocznego obrotu poprzez czynności, które umożliwiają obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym poprzez oba modele wykonywanejdziałalności. Współczynnik proporcji odliczenia VAT w określonym roku podatkowym oblicza się procentowo każdego roku. Do odliczania kwoty VAT naliczonego przyjmuje się współczynnik proporcji wyznaczony szacunkowo, według szacunkowego poziomu sprzedaży podlegającej opodatkowaniu i zwolnionej. Wartość tego współczynnika wymaga natomiast uzgodnienia z naczelnikiem urzędu skarbowego w formie protokołu.